在短暂的吕内堡的日子里，巴赫已经成为一位远近闻名的管风琴师了。由于他的技术突飞猛进不可能是突然的事情，所以除了他自己早先在家庭里所受的教育外，在吕内堡想必也有众多的机会熟悉和练习键盘乐器。没人知道，但也无法否认，他曾向同样来自图林根州的管风琴家伯姆(Georg BOEHM)请教过。伯姆是约翰尼斯教堂(Johannis)的管风琴家，他也谱写一些受法国影响的键盘音乐，这些对早期巴赫的管风琴作品都有非常明显的影响。同时，年轻的巴赫也深受住在汉堡的伯姆以前的老师，七十八岁高龄的兰肯(Johann Adam REINKEN)的影响。巴赫为了熟悉兰肯的作品，曾经去过汉堡好几次。1701年的暑假，巴赫步行48公里，到北部的汉堡去聆听兰肯以及其他一些作曲家的演奏。荷兰血统的兰肯是许多十七世纪荷兰作曲家以及阿姆斯特丹(Amsterdam)的管风琴家的老师。巴赫在此经受了大量的荷兰风格以及间接的英国作品的熏陶。
1705年末，巴赫获得了四个星期的假期前往吕贝克熟悉布克斯特胡德(Dietrich BUXTEHUDE)的音乐。1705年十月份，巴赫步行200英里前往吕贝克，自从呆在那里，他就被布克斯特胡德的管风琴音乐给深深吸引。当然，布克斯特胡德也是一位多产声乐作品的作曲家。尤其是他在玛丽教堂(Marien)的“晚间音乐会”(Abendmusiken，一种有组织，吸引游人前往吕贝克的活动)非常有名，想必让巴赫念念不忘了。甚至有可能，他也是其中的演奏者之一。布克斯特胡德的声乐作品(像Castrum Doloris，如今仅保留了唱词)可能对巴赫早期的声乐作品有直接的影响，比如“上帝的时光是最好的时光”(Gottes Zeit is die allerbeste Zeit，BWV106)。
当缪尔豪森布拉休斯教堂(Blasius)的管风琴师阿勒(Johann Georg AHLE)于1706年12月2日去世后，这个城市迫切地希望复兴日渐衰退的音乐。1707年4月24日，也就是复活节，塞巴斯蒂安 巴赫以管风琴师的身份参加了演奏考试，曲目可能是“基督躺在死亡的午后”(Christ lag in Todesbanden，BWV4)。同年的6月，他赢得缪尔豪森管风琴师这个颇具声望的职位。
可能是受布克斯特胡德的“晚间音乐会”的影响，巴赫在缪尔豪森对创作宗教声乐作品日益显示出浓厚的兴趣。当然，也有可能是布拉休斯教堂相对于安斯塔特的新教堂来说显得更加具有声乐传统并且有一套更加完善的声乐设备。在此，芭芭拉从未被提及过，可是不能否认她对丈夫兴趣转移也具有重要的影响，要知道，她的父亲就是一位多产的声乐作曲家。
不管怎么说，甚至连巴赫最早的康塔塔也算是上乘的大家之作。在缪尔豪森创作的康塔塔中，上帝是我的国王(Gott ist mein Koenig，BWV71)就曾经出版过。实际上，这也是巴赫一生中唯一出版过的康塔塔。可那时，不论泰勒曼(Georg Philipp TELEMANN)还是亨德尔(Georg Friderich HAENDEL)都还没有出版过作品，所以1708年2月4日对这位22岁的年轻作曲家来说不可谓不是一个值得庆贺的日子。
魏玛是巴赫名声鹊起的主要地方之一。搬到缪尔豪森北部仅40英里远的魏玛是他职业生涯的重要一步。不但工资翻番，他的专业水准也极大地提高。巴赫在1703年曾在于此的约翰·恩斯特公爵(Johann ERNST)手下做过一个短暂的小提琴手。1707年J.恩斯特公爵去世，此后，威廉·恩斯特公爵和1709年接替约翰·恩斯特公爵的奥古斯特(Ernst AUGUST)一起统治着魏玛。威廉·恩斯特(1662－1728)是路德教派的统治者并且是宗教音乐的赞助人。他聘用巴赫担任管风琴师和乐队成员并且鼓励巴赫发挥自己在管风琴上的独特天赋。巴赫和奥古斯特(1688－1748)以及他的弟弟约翰·恩斯特二世(Johann Ernst Jr., 1696－1715)保持良好的关系。总的来说，塞巴斯蒂安在保持对两方公爵的忠诚方面遇到不少麻烦，因为在威廉·恩斯特公爵和奥古斯特之间有着许多紧张，复杂的事情，甚至是公开的敌视。恩斯特二世其实具有不错的音乐天赋，可惜过世太早，仅仅活了19岁。他曾经向巴赫在魏玛的朋友以及亲戚瓦尔特(Johann Gottfried WALTHER)学习作曲课。恩斯特二世在1713年左右也曾远游至阿姆斯特丹，带着大量的意大利音乐返回。塞巴斯蒂安对这些意大利素材进行了各式各样的管风琴翻译，期中维瓦尔第(Antonio Vivaldi)的1712年协奏曲全集(L’Estro armonico)对巴赫的作曲风格有着很大的影响。在巴赫的发展道路上这其实是一个决定性的时刻：从此后，他将自己早期的对位风格和北德以及法国的影响，还有维瓦尔第式的和声模式，主题旋律结合到一起。
巴赫现在才23岁，有着丰厚的收入，并且有一位理解支持他的妻子芭芭拉。当他们到魏玛(1708)后不久，第一个孩子多萝丝降生了。和威廉·弗里德曼(Wilhelm Friedemannn, 1710年11月22日出生)以及卡尔·菲利普·艾玛努尔(Carl Philip Emanuel, 1714年3月8日出生)不同的是，她没有成为伟大的作曲家。虽然最初这个家庭充满着祥和的气氛，可是1713年降生的双胞胎却可惜地夭折。这些孩子的教父有些非常出名，比如泰勒曼，1712年以来一直是法兰克福(Frankfurt am Main)的音乐指导，作为艾玛努尔的教父，他和巴赫家族有着很好的关系。
在巴赫的一生中，他始终在为改进管风琴性能呕心沥血。比如特雷布斯(Heinrich TREBS)对魏玛教堂的管风琴的改进就是在巴赫的指导下进行的。尤其在1708年到1714年，巴赫一直在集中精力地练习管风琴和作曲：大多数他的管风琴作品都可以溯源到魏玛时期。虽然我们不能完全肯定他这些年在其他领域的活动，可是创作康塔塔并不可一笔带过。要知道，1713年康塔塔“让我惬意的是这愉悦的狩猎”(Was mir behagt, ist nur die muntere jagd，BWV298)就曾在维森菲尔斯(Weissenfels)为地方公爵演出过。这是塞巴斯蒂安的第一部世俗康塔塔，也是第一部叙事以及咏叹式的新意大利风格康塔塔。萨克森-维森菲尔斯公爵是一位极其奢侈的暴戾之君，一直鱼肉他领地内的百姓，给他们带来深重的灾难和种种不幸。可是巴赫认为他能够帮助自己提升社会地位，于是想方设法地去迎合这位狩猎狂似暴君的种种口味。在巴赫恭敬的康塔塔中，这维森菲尔斯的猎人居然被称为“温雅的基督徒”和“善良的牧羊人”。
1713年，巴赫获得一个机会去接替亨德尔的老师，扎可夫(Friedrich Wilhelm ZACHOW)在哈勒(Halle)的圣母教堂(Liebfrauen)的职位。那里，巴赫举行了一场管风琴演奏会，而且可能演奏的是康塔塔“我有太多苦难”(Ich habe viel Bekuemmernis，BWV21, 这有很大的争议)。他的地方追随者，哈勒的海涅休斯(Johann Michael HEINECCIUS)牧师将其反锁在一间房子里，让其按规定歌词现场编写康塔塔。他住在最好的金色光环旅馆(Zum goldenen Ring)，有免费提供的食物，烟叶以及酒水任其选用。最重要的是，他获得了这个工作。可当魏玛的威廉·恩斯特公爵给他双份的薪水时，他决定还是呆在老地方。1714年3月2日，威廉·恩斯特公爵任命他为演奏总指挥。就像我们前面了解的一样，巴赫其实在他的职业行为里，的确是一个地地道道的人。他有一个不断庞大的家庭要养活，包括芭芭拉的没结婚的姐姐，费德里娜·玛格丽塔(Friedelena Margaretha)－－作为巴赫家里的成员之一，她常常被忽视。她死于1729年。
在新职位上，他一个月写一首康塔塔(在后面的莱比锡(Leipzig)，有段时期，他甚至需要一个星期写一首康塔塔！)，这些都是1713年起巴赫已经采用新意大利风格写成的康塔塔。大多数的唱词是由魏玛的高级教会议会书记员，教会图书员，钱币收集专家弗朗克(Solomon FRANCK, 1659－1725)编写。其他的康塔塔歌词(包括魏玛和莱比锡时期)是由勒姆斯(Georg Christian LEHMS)和纽麦斯特(Erdmann NEUMEISTER)编写的。纽麦斯特(1671－1756)自1715年以来一直担任汉堡的雅可比教堂(Jacobi)的高级牧师和康塔塔唱词现代化革新的发起者。
巴赫的名声吸引大批的学生，像克雷布斯(Johann Tobias KREBS)，舒巴特(J. M. SCHUBART)。在这些可圈可点的学生中还有巴赫的亲戚约翰·洛仑兹·巴赫(Johann Lorenz BACH)和约翰·伯恩哈特·巴赫(Johann Bernhard BACH)等。
巴赫在魏玛的工作戏剧性地结束，原因是他过于亲密共同摄政的奥古斯特，于是另一位公爵，威廉·恩斯特禁止巴赫给其对手提供一切音乐服务。巴赫固执地拒绝遵从，于是当年迈的德雷瑟(Johann Samuel DRESE)在1716年过世的时候，巴赫被免除接替教会主持(Capellmeister)的职务。该职务被德雷瑟并不出色的儿子约翰·威廉·德雷瑟(Johann Wilhelm DRESE)担任，而巴赫甚至没有出现在终审名单上。巴赫感觉被欺辱了，1716年突然中断康塔塔的创作——这让人怀疑巴赫创作宗教音乐的初衷仅仅是因为受上帝荣耀的感悟。幸运的是，由于列奥帕特·安哈尔特-科腾王子(Leopold von Anhalt-Koethen)对巴赫献给他的姐姐和奥古斯特公爵结婚时的婚礼进行曲留下了很好的印象，巴赫从列奥帕特王子那里得到了另外一份工作(这次是作为教会主持)，可是威廉·恩斯特公爵拒绝让塞巴斯蒂安去他的死对头奥古斯特的小舅子那里。巴赫甚至被拘禁了一个月(11月6日到12月2日)，才被免除一切荣誉地释放了。终于，巴赫可以毫无缧绁地去科腾(Koethen)了。
可是，唉，死神的打击又一次光临巴赫的生活：当他返回科腾的时候，妻子由于短暂的小疾不幸身亡，早在7月7日就已经下葬了。遗留给巴赫的是四个年幼的小孩：多萝丝，弗里德曼，艾玛努尔和伯恩哈特(Johann Gottfried Bernhard)，还有三个夭折。通常的传记都会说，这时的巴赫需要一位新的妻子来照料小孩们，这也太低估巴赫的能力了。当然，可能有人有种曲解，会认为巴赫是一位圣徒，一位通往马太苦难之路的“第五位福音布道者”。女人，在他们的观点中只是小孩们的看护人，其中最好的不过是替大师抄录音乐或者吟诵歌唱作品，或者间或地在家中弹奏一些简单明快的曲子罢了。
列奥帕特王子深深地淫浸在自己的幸福的婚礼里，新娘是他的堂妹安哈尔特-伯恩伯格的亨列塔(Friederica Henrietta von Anhalt-Bernburg, 在图林地区没有通婚的限制)。可这位美丽的公主，据说却是一位极度反感音乐的人，因为巴赫曾经指责可怜的公主是科腾日渐低迷的音乐气氛的肇事者(在1730年给幼时同窗埃德曼的一封信中提及)。不过，当今研究一致认为科腾音乐的衰亡在于列奥帕特王子花费大笔的金钱装备他的普鲁士军队，以致没有足够的钱来支持音乐的发展。另外还要提及的是，这位可怕的音乐反对人士在巴赫前往莱比锡的时候已经死去。
考虑到科腾的环境日渐不适合自己音乐的创作，巴赫从1720年起一共寻觅了三个职位。在列奥帕特王子和反感音乐的亨列塔结婚前一年，也就是1720年底，塞巴斯蒂安申请汉堡的雅可比教堂(Jacobi)的管风琴师的职位。这所教堂有一架非常出名的四排键的施尼特格尔管风琴(Schnitger)。巴赫在此的辉煌演奏给当时已经年届百岁高龄的兰肯非常深刻的影响。毫无疑问，他得到了这份工作。可是由于巴赫拒绝给教堂基金捐献一笔高昂的费用，于是工作被另外一个人接替。巴赫同时在寻找其他工作的线索可以从他献给勃兰登堡(Brandenburg)路德维希公爵(Margrave Christian Ludwig)的六首勃兰登堡协奏曲这件事看出来。路德维希公爵在柏林的城堡里有支乐队，塞巴斯蒂安向他暗示自己具有“上天赐予的一点点音乐天赋”。可这样暗示市的请求没有激起公爵一点反应。塞巴斯蒂安第三份申请非常成功，自然这也是他的三次申请里最后的机会了。在1723年4月，巴赫成为莱比锡圣托马斯教堂(St. Thomas)的音乐指导库瑙(Johann KUHNAU)的继任者－－这个职位是泰勒曼(在汉堡担任音乐总监)放弃以及格劳普纳(Christoph GRAUPNER)从达姆斯达特(Darmstadt)的宫廷职位上无法脱身后才轮到他的。
唱诗班排练是在周一，二，三和五；周六歌手和演奏者一起排练周末的康塔塔。很多情况下，其实根本没有时间排练。巴赫这几年比以前更加努力，据说总共写了五(年)轮(5×59首康塔塔)！第一轮，1723－1724，还有许多魏玛时期的作品；但是第二轮，1724－1725，基本上就是一周一首了。1725年经过一个短暂的中止，巴赫用接下来的两年写了第三轮。巴赫的康塔塔作品有五分之二没有流传下来(除了“上帝是我的国王”(Gott ist mein Koenig，BWV71)，巴赫就没有出版过其他的康塔塔)。
由于巴赫的康塔塔产量，十八世纪二十年代在西方音乐史上属于作品极为惊人的爆炸式的增长期之一，哪怕考虑到巴洛克时期的作曲家出品都非常丰富，情况依旧如此。比如泰勒曼就可以一天一首康塔塔，而且据说他在写信的间隙还可以写一首八段式的圣歌(泰勒曼写了40部歌剧，44首受难曲和十二轮的康塔塔)！巴赫在莱比锡的前任，库瑙就写了14轮的康塔塔，而康塔塔的写作冠军克里格尔(Johann Philipp KRIEGER, 1649－1725)则在一生里几乎写了2,000首康塔塔！虽然几乎没有人听过这三个人创作的3,500首康塔塔－－哪怕是期中一小部分，但巴赫的康塔塔相对于这些把写康塔塔当成家常便饭的人来说还是显得更有创意。尤其让人吃惊的是，虽然巴赫的许多康塔塔也是日常工作需要，但是还是可以在期中发现大量大师级的作品。在莱比锡的早些年，巴赫的“约翰受难”(St. John Passion, 1724)举行了首演，还创作了Magnificat (1723)和马太受难(St. Matthew Passion, 1727或者1729)。
同样，巴赫在专业方面也不是一帆风顺：在给学生教拉丁语和排练唱诗班这些公事间时有冲突。巴赫不想教拉丁语，但是不教就要缩减薪水。而且，学院管理其实非常混乱，没有纪律，以致音乐水平总是很低(主要原因是年近七旬的艾涅斯蒂(Johann Heinrich ERNESTI)院长大人管理是松松垮垮)。此时巴赫的工资只有他在科腾时期的四分之一，他时常依靠给红白喜事提供服务来赚点额外收入。“好”年头里，托马斯教堂唱诗班每天要唱一个葬礼，不过在巴赫给埃德曼 (1730)的信里，他抱怨由于天气不错，自己的收入常常减少。
总之，巴赫和上级间的冲突越来越多。早期最突出的是和大学。由于托马斯学院的音乐指导有权利认为自己是大学的音乐指导，所以早在库瑙时期，大学已经在努力减少对托马斯学院的依赖。大学在它自己的圣保罗教堂(St. Paul)专门成立一个正规的机构为星期天的仪式服务。这个设施被称作“新”机构，毗连着传统的“老”机构。库瑙死后，大学在这两个机构里安插一个自己的人，格尔纳(Johann Gottlieb GOERNER)，圣尼可拉斯教堂的管风琴师。这种中断大学和托马斯学院传统的行为让巴赫非常愤怒，因为这使他非常难以从其他莱比锡教堂的音乐机构里招到学生，同时还花费他自己更多的钱。经过长期的斗争，最终巴赫可以名正言顺地称自己为大学音乐指导，不过他的传统权利仅仅限于“老”机构，而非“新”机构。可是，对“老”机构，巴赫已经没兴趣了，于是就让一个助手管理。在财政方面，巴赫是完全输了，因为大学不再让托马斯教堂的音乐指导替它写作品，这样，巴赫算是断了一大笔收入来源。慢慢地，巴赫对这个职位越来越不满意，不论是收入还是音乐设备都让他厌倦。
尽管巴赫在1730年前后充满抱怨，十八世纪三十年代早期，托马斯学院的状况还是在逐步好转，这都归功于新来的院长盖斯纳(Johann motthias GESNER, 1691－1761)，他在魏玛的时候就已经知道巴赫而且是他的崇拜者之一。学院的房子加盖了两层，并且修葺一新。1734年，盖斯纳成为哥廷根大学(Goettingen Uni.)的教授，接替他的是年轻有为的副院长艾涅斯蒂(Johann August Ernesti, 1707?－1781)。有许多年，巴赫和他关系一直不错，因为J. A. 艾涅斯蒂是巴赫的两个孩子奥古斯特·阿布拉罕(August Abraham, 1733)和约翰·克里斯蒂安(Johann Christian, 1735)的教父。可是，在十八世纪三十年代后半期，两人的关系却紧张起来。J. A. 艾涅斯蒂或许是受了某种灵感理想的启发，希望把音乐从托马斯学院里剔除出去，这自然和巴赫形成强烈的冲突(院长和音乐指导居住在同一栋嘈杂的楼里，整天都是音乐，或许我们也不能怪艾涅斯蒂不断强烈的对音乐的反感了)。冲突焦点在关于任命唱诗班领导者的权利的斗争。通常这是音乐指导的权利，可是当艾涅斯蒂打算解雇那个殴打学生的唱诗班领导者时(这当然违背巴赫的意愿)，巴赫非常愤慨。非常不愉快的斗争从1736年一直持续到1938年，可突然间大家都沉寂下去了，或许是来自德雷斯顿的萨克森宫廷(Saxony)的压力。
很重要的一点是，1736年巴赫是德雷斯顿宫廷教会主持兼作曲家，直接为萨克森的国王奥古斯特二世(Friedrich Augustus II)服务。巴赫早在1733年就已经用一封措辞非常谦卑的信和后来b小调弥撒(Mass in b Minor)中的两部分(Kyrie和Gloria)申请这个职位。为了申请成功，巴赫准备了许多年，创作出一些歌颂皇室家族的康塔塔。1736年，巴赫最终如愿以偿－－可能凯瑟琳克公爵(Keyserlingk)在其间起了作用。他是巴赫的崇拜者，后来巴赫专门为他创作了哥德堡变奏曲(Goldberg variations)。
或许深受巴赫新一代们也是颇有天赋的专业音乐家的影响，巴赫开始编自己的家谱：“音乐巴赫家族的渊源”(Ursprung des musicalisch-Bachischen Familie)，甚至上溯到十六世纪的怀特·巴赫(Veit BACH)。总的来说，这些年的巴赫有很充足的自信，急切关注自己在音乐历史上的地位。这也可以从他不断修改早期作品以及努力试图出版作品看出来。1726年，巴赫出版了自己的键盘帕蒂塔(Partitas)，在1731年六首全集以键盘练习曲I (Clavier Uebung, Part I，BWV825－830)的形式出版了。紧接着，1735年，键盘练习曲II (Clavier Uebung, Part II)，意大利协奏曲(Italian Conceto，BWV 971)和b小调法国序曲(French Ouverture in B Minor，BWV831)也出版了。键盘练习曲III (Clavier-uebung, Part III)在1739年付梓，其中有管风琴作品BWV552，669－689和802－805。
巴赫周围也聚集了许多学生，有些有着完全不同的历史和理论背景(米策勒(Lorenz MIZLER), 科恩伯格(KIRNBERGER), 阿格里科拉(AGRICOLA))。1737年巴赫的学生施艾博(Johann Adolph SCHEIBE)攻击巴赫，认为他的作品是过时的，不自然而且过分繁杂。巴赫的代言人，莱比锡大学的伯恩保姆(Johann Abraham BIRNBAUM)有力地对这中说法进行了批驳。尽管如此，巴赫很明显还是在一定程度下受到这种新式雅致的风格的影响，并把它运用在自己后期的作品里。
1723年以后，和德雷斯顿的联系对巴赫来说，显得格外重要。和莱比锡停滞不前的音乐环境相比较，德雷斯顿有着非常热闹的音乐景象，聚集了众多的音乐家：像推崇维瓦尔第的小提琴家彼森德尔(PISENDEL)，法国长笛大师布法丹(BUFFARDIN)，还有萨克森宫廷宗教音乐指导泽兰卡(Jan Dismas ZELENKA)，他是帕勒斯特里纳(PALESTRINA)音乐的积极推广者。巴赫的朋友，多产的作曲家哈瑟(Johann Adolf HASSE)在剧院指导歌剧演出，他和著名的女高音波多妮(Faustina BORDONI)结婚，一共写了60多部歌剧。所有的这些人都非常敬佩巴赫，所以巴赫也一直保持着和德雷斯顿的正常联系。对于巴赫的新风格，像galant以及stile antico (帕勒斯特里纳经常使用的一种古老的严格对位方式)来说，与德雷斯顿的联系非常重要。德雷斯顿音乐家们和意大利的联系同样也使得巴赫得以熟悉器乐方面的新元素。
巴赫第一次去柏林是在1719年，那是为科腾宫廷购买庞大的米特克键琴。当艾玛努尔在柏林后，巴赫渐渐得也成了那里的常客。1741年，巴赫在柏林，此时玛格达丽娜有段时间病得很重－－这些都是从约翰·伊利亚斯·巴赫(Johann Elias BACH)的书信中得知的。他是巴赫的二堂弟，在1737年到1742年间呆在巴赫家作为巴赫的秘书和孩子的音乐老师。他的信是了解巴赫家庭这些年境况的重要资料来源。
1745年或许巴赫也呆在柏林，那时处于奥地利和普鲁士(萨克森王国此时是奥地利的同盟)的第二次希勒西亚战争(Slesian)时期，莱比锡被普鲁士军队包围。不过巴赫最为著名的柏林之行是在1747年5月，巴赫受到在波茨坦的弗里德里希二世(Friedrich II, 普鲁士国王)邀请，和儿子弗里德曼一同前往。弗里德里希二世是一位狂热的音乐爱好者，同时也喜欢吹奏长笛。巴赫此行试遍了波茨坦皇宫内的管风琴和希尔伯曼古钢琴。当国王让巴赫以给定的主题创作作品时，访问达到了高潮。巴赫根据主题即兴演奏一曲，同时向国王承诺将会在回去后根据这个主题创作一部更加复杂的作品。这就是音乐的奉献(Musical Offering，BVW1079)，巴赫在策勒(Zella)以前的学生，雕刻家舒伯勒(Johann Georg SCHUEBLER)把它给刻了下来。呈献给国王的版本是由布莱特科普夫(Bernhard Christoph BREITKOPF)印制的。
在“音乐的奉献”的部分章节里再次显示出新galant风格的影响。根据马歇尔(Robert L. MARSHALL)在他的文章“巴赫进展(Bach, the Progressive)”的描述，这种影响也可以在1742年的哥德堡变奏曲里看见(哥德堡变奏曲是作为键盘练习曲的第四部分，受凯瑟琳克公爵的委托，为他的键琴演奏家哥德堡(Johann Gottlieb GOLDBERG)而作。哥德堡曾经是巴赫和他儿子弗里德曼的学生)。这种新风格的特征是，相对老式的巴洛克风格而言，不再是稠密的主旋律强调和复调结构，有一种固定的段落结构而且更加缓慢的和声节奏。还有就是，通俗舞蹈节奏和民间歌曲在这种新风格中更加普遍地运用，比如哥德堡变奏曲最后的集腋曲(quodlibet)。同样，在“农夫康塔塔”中也可以找到类似的元素；六首舒伯勒众赞歌(Schuebler Chorales，BWV645－650)也受到新风格的影响。这一切都表明，巴赫对新兴事物的了如指掌，并且乐意将它们运用到自己的作品中。
就像已经提到的那样，巴赫不但受到新galant风格的影响，Stile antico，一种像帕勒斯特里纳类的作曲家使用的严格对位方式，对巴赫的影响显得更加深刻。不但在b小调弥撒中，巴赫对stile antico的投入非常明显，而且在他其余的晚期博大作品中，对严格对位法以及卡农模式(canon)使用也是非常地入迷。不用说哥德堡变奏曲了，看看“我从天堂来”(Vom Himmelhoch da komm’ ich her，BWV 769, 1747或者1748)，还有“赋格的艺术”(Kunst der Fuge, BWV1080)－－动笔于1740年，可是到巴赫去世也没有完工(出版是在1751年)。还有“十二平均律II”(Das Wohltemperierte Clavier II,完成于十八世纪四十年代早期)中的前奏曲和赋格都受到了stile antico的影响。
过去巴赫的这些作品往往被认为是几个世纪发展的最高峰，意味着音乐历史上复调时期的终结。可是，当今研究认为，巴赫晚期作品中的前古典式的，“推进式”的元素和他极为入迷的stile antico都可以看作指点未来而不是过去的元素。在和他的大量有着理论天赋和历史遇见性的学生，比如米策勒的联系中，巴赫的新历史观在逐渐形成。米策勒是音乐科学协会(Societaet der musicalischen Wissenschaften)的创立者，也是福克斯(FUX)的Gradus ad Parnassum (1725) (巴赫有拉丁文原版)的翻译，这本书深度地分析了老式的帕勒斯特里纳对位法。这个时期兴起的复古热潮甚至和后来浪漫时期培育起来的“哥特式”风气有些联系。1747年，巴赫成为米策勒的协会的十四位成员之一，为此，他提交了一部作品和一张肖像。作品是卡农风格的变奏曲，BWV769，肖像就是现在仅存的豪斯曼(HAUSSMANN)所作的肖像(1746)。
巴赫在1749年完成了伟大的b小调弥撒。可能因为他对作为莱比锡音乐指导的职位不再有兴趣，莱比锡的有关机构开始寻找新的音乐指导(Gottlob HARRER)。巴赫实际上此时由于晚期白内障，双眼已经失明。1750年早期，英国眼科医生泰勒(TAYLOR)给他动了一次手术，可惜不太成功；同年晚些时候，他又突发一次心脏病。1750年7月28日，巴赫与世长辞。根据最近的医学解释，巴赫生命晚期的症状表明他可能死于糖尿病。以前传言，巴赫在临死前，还在对他的女婿阿尔特尼克(Johann Christoph ALTNICKOL)口授赞美诗“当我们处于最高音”(Wenn wir in hoechsten Noten sein)，这听起来也太崇高，太虔诚了。当今研究证实，这只是一个传说罢了，巴赫在他生命最后的二十年并不是一个非常具有宗教虔诚感的作曲家。
安斯塔特时期，极少的作品被保留下来。可能Capriccio sopra la lontananza del suo fratello dilettissimo，BWV992，是在此创作的(1704)。还有，赞美诗前奏曲“我们已经点亮辰星”(Wie Schoen leuchtet der Morgenstern，BWV739)也属于这个时期(1705左右)。这部前奏曲的手稿也是迄今为止发现最为古老的巴赫的亲笔作品了。还有一部早期作品是g小调前奏曲及赋格(Prelude and Fugue in G Minor，BWV535a)的片段。可能有些缪尔豪森时期的康塔塔也可以溯源到安斯塔特时期，比如“基督躺在死亡的午后”和“您走之后，上帝，我们期盼您”(Nach dir, Herr, verlanget mich，BWV150)。
缪尔豪森时期最主要的管风琴作品有著名的“d小调托卡塔及赋格”(Toccata and Fugue in D Minor, BWV565)和“D大调前奏曲及赋格”(Prelude and Fugue in D Major, BWV532)。另外还有管风琴作品“c小调帕萨卡格里亚”(Passacaglia in C Minor，BWV582)。除了“上帝是我的国王”外，巴赫可能创作了如下康塔塔(包括在安斯塔特时开始构思的作品)：“来自深处”(Aus der Tiefen，BWV131)－－有时被认为是巴赫第一部康塔塔(1707？)，同时和火灾有着联系；还有随后的“上帝的时光是最好的时光”。这个时期其他的康塔塔作品则遗失了。此时期的康塔塔具有十七世纪的经文歌风格，用圣经里的话语还有唱诗班，带着尽可能好的咏叹调。尽管如此，此时康塔塔的格式还是比巴赫后来在魏玛时期创作的作品更加显得多变灵活，虽然后者具有更加意大利化的叙事诗外加咏叹风格。